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つい３か月前まで、ごく普通の高校生だった真田光。偶然の出来事で妖の一族を滅する縛魔師の力を継承し、強い霊力に目覚めた。光は今、縛魔師としての修行のため、箱根にきている。日本旅館の一室、光のそばにもうひとりの少年がいる。彼の名は千晶。北斗聖宗の超一流の縛魔師だ。二人の間を流れる微妙な感情。そして、ふたりの前に巻き起こる事件は……!?

追ってはならぬ母・玉藻と接触した咎で、千晶は北斗聖宗の監視下に置かれていた。蔵尾の診療所で軟禁状態の千晶を、毎日のように見舞う光は、箱根での一夜を思い出し、微妙な感情に揺さぶられる。そんな二人に、京都鴨川にいる鬼女討伐の命令が下った。それは千晶の箱根での不始末を不問に付す唯一の条件でもあった。秘めた思いを胸に、京都へと赴く光と千晶。最後の決戦の火蓋が切って落とされる！

鬼道修一が滅んだ翌年、縛魔師・真田光は、家族と離れ、祖父が住職を努める北斗聖宗の寺である満願寺に住み込んでいた。マンションで一人暮らしをしている相棒で恋人の千晶とは、微妙な関係を保ったままだ。そんな折、光は北斗聖宗からの命で、千晶とのコンビを解消され、新たな相棒と任務に。しかしその人物は、密かに光を狙っていた!!揺れ動く、光と千晶の不器用な想い……。二人の心は、果たして通じ合えるのか。

北斗聖宗の神社に幽閉されていた、亡き鬼道修一の娘、桐生小夜子が、南斗商会の残党の手によって拉致された。那智とともに、小夜子の捜索を命じられた千晶だが、恋人・光が小夜子に手紙を出していたことを松岡の口から知らされ動揺する。一方、光も、千晶の今の任務を知り、自分に話してくれなかったことに憤りを感じていた。ようやく安定してきた心が再び揺れる気配。千晶と光の思いをよそに事態は悪化する!!

関西を中心として、霊力の強い人間や妖が行方不明になる事件が起きていた。人や妖を売買する闇業者の仕業と判断した北斗聖宗は、光と松岡のコンビに業者摘発を命じる。向かう場所は京都にある妖の歓楽街〈七つ木霊〉。松岡は闇業者、光は遊女的存在・色子の商品見本として無事潜入するが、成り行きで光だけが〈七つ木霊〉に残されることに。不気味な声を発する井戸、千晶によく似た妖狐・黒蘭。孤軍奮闘する光の運命は!?