科学者の両親を持つ軍荼利慶子。彼女は自身与り知らぬ所で闇の陰謀に巻き込まれた。テロによる死の淵から生還を果たした慶子は、かつて彼女と両親を巻き込んだ災厄に報復すべく歩き始める。彼女の身体に秘められた壮絶なる力、人類の新しい形としての能力とは……!?ゴッドサイダーセカンドで神と悪魔の闘いを描いた巻来功士が、満を持して送る究極の復讐劇、堂々の開幕!!