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婚約者とその胎内の我が子を犠牲にして魔女アルマを呼び出した流動玲二。流動は獄中でアルマを犯したが、アルマはそのショックから流動とともに中世の故郷へと時空を超えた。時の領主、ニコラ・レミは残虐非道なやり方で魔女狩りを行う異端審問官。アルマが本物の力を持った魔女であることを見抜いたレミは、アルマに徹底的な拷問を加える。流動はレミの側について生き延びようとするが、いつしかアルマとの間に心が通いあってくる。そしてレミ亡き後も時空を超えて２人のラブロマンスは展開されていく。

流動玲二の死後も現代の日本に留まり、郊外の住宅地で薬局を始めることにした魔女アルマ。アルマのもとには様々な人間が引きよせられる。自殺を決意した男がアルマの店を訪れた。会社を解雇され、家族も友達もなく、誰にも必要とされない彼は、まさにうだつのあがらぬ様を絵に描いたような男だった。ある日彼は劇団にスカウトされヒトラーを演じることになり、初めて人に必要とされる快感に酔った。その演技が最高潮に達した瞬間、彼の魂は時空を超えてヒトラーに乗り移った。

時空を超えて現代に蘇った魔女アルマ。都会の片隅で深夜営業の薬局を営むアルマのもとには心に病を持つ人々が次々に訪れる。1938年、日本軍の将校であった男は中国河南省の村を襲い、楡の木の下で１人の少年の首をはねた。それから50年、彼は外務省の役人として再び中国を訪れることになった。ふと立ち寄ったアルマの店で「中国の少年の撃った弾丸に命を奪われる」と予言される。河南省を訪れた彼は、1本の楡の木を見て、そこがかつて自分たちが襲った村であることを思い出した。

中世から現代の日本に蘇った魔女アルマは、深夜営業の薬局を営んでいる。アルマは病める人々に数々の奇跡を起こす。自分は厚生省の人間だと言う男は、アルマが薬剤師免許を持ってない事を理由に、脅しにかかった。鈴木と名乗るその男は、実は製薬会社の研究員で、ライバルが自分の出世の妨げになると考え、毒殺しようとアルマに近づいて来たのだった。誰にも見破られないような毒薬を要求してきた男は、自分でその薬を飲むはめになり、自分が勤めていた会社に実験動物として送られた。