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すこし大きくなったシャーロット嬢、精霊さまとタッグを組んで王国に伝わる魔法技術の研究と活用に励んでいます。理系研究者のだった転生前の記憶と経験が、この異世界でもとても役に立っているようです。一方シャーロットの評判が高まっていることを知った聖女イザベルは、ひとり何かを企み始めました。

聖女イザベルを追い詰めたシャーロット嬢、あと一歩のところで転移魔法の罠にかかってしまいました。飛ばされた先は魔の大陸の上空12，000メートルです。そこは魔族が跋扈し人間が生き延びるのは不可能と言われる土地です。それでもシャーロットが家族のもとに帰る望みを捨てるはずがありません。大サバイバル生活の始まりです。

故郷の家族のもとに戻るため、シャーロットは魔鬼族の都に潜入した。

王都に潜入したシャーロット嬢は、大図書館で謎の人物に拉致されてしまいます。ところが、その相手は意外な重要人物だったのです。大凶竜ネーベリックを生み出した黒幕、現国王エルギスの陰謀を防ぐため、ユニークスキル『構造解析』のレベルアップを目指します！

ダンジョンでレベルアップを果たしたシャーロット嬢は、いよいよクーデターの準備に取り掛かります。そんな中、「英雄」と呼ばれる戦士・トキワと出会い、協力を要請しますが、どうやら一筋縄ではいかない人物のようです。一方その頃マリルは、シャーロットを転移させた犯人である元聖女・イザベルが、故郷の恩人の近くに潜伏していると勘付き、確保へと乗り出すのでした。