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後輩研究者をかばって命を落とした持水薫さん、意識を取り戻した時に目の前にいたのはすこしうっかりな女神さまでした。新世界への生まれ変わりを提案された薫は「どんな物でも構造を解析＆編集できるスキル」をリクエストします。不本意ながら幼女として貴族の家に転生することになったけど研究を続ける気は満々なのです。
すこし大きくなったシャーロット嬢、精霊さまとタッグを組んで王国に伝わる魔法技術の研究と活用に励んでいます。理系研究者のだった転生前の記憶と経験が、この異世界でもとても役に立っているようです。一方シャーロットの評判が高まっていることを知った聖女イザベルは、ひとり何かを企み始めました。
聖女イザベルを追い詰めたシャーロット嬢、あと一歩のところで転移魔法の罠にかかってしまいました。飛ばされた先は魔の大陸の上空12，000メートルです。そこは魔族が跋扈し人間が生き延びるのは不可能と言われる土地です。それでもシャーロットが家族のもとに帰る望みを捨てるはずがありません。大サバイバル生活の始まりです。
王都に潜入したシャーロット嬢は、大図書館で謎の人物に拉致されてしまいます。ところが、その相手は意外な重要人物だったのです。大凶竜ネーベリックを生み出した黒幕、現国王エルギスの陰謀を防ぐため、ユニークスキル『構造解析』のレベルアップを目指します！
ダンジョンでレベルアップを果たしたシャーロット嬢は、いよいよクーデターの準備に取り掛かります。そんな中、「英雄」と呼ばれる戦士・トキワと出会い、協力を要請しますが、どうやら一筋縄ではいかない人物のようです。一方その頃マリルは、シャーロットを転移させた犯人である元聖女・イザベルが、故郷の恩人の近くに潜伏していると勘付き、確保へと乗り出すのでした。
ついに暴君エルギスへのクーデターが始まりました。シャーロット嬢は、魔鬼族やダークエルフの仲間達と共に、王城へと攻め入ります。しかしそこでは、恐ろしい闇の魔物を従えたエルギスが待ち構えていたのです。ですがそんな事で立ち止まる彼女ではありません。元構造解析研究者は、全てを終らせて、必ず故郷へ帰ります！
