言われなき罪を被され、城塞監獄・シャトー・ディフに投獄されたエドモン・ダンテス…。監獄で過ごした絶望の14年間、彼を支えたものは燃えるような憎悪だった。脱獄に成功した今、彼は姿を変え、モンテ・クリストと名を改めそして、長い旅に出る。かつて自らを嵌めた者たちに復讐を果たすために──。
1868年、明治政府が発足した。サムライガンを擁する反幕府組織・評議会は、新政府に吸収される事となる。しかし権力の争奪が行われた後に組織は新政府側の赤軍と反逆集団の黒軍とに二分。だが赤軍に戦争を仕掛けた黒軍は敗北した。それから数年後…再び黒軍が現われた。そして黒き逆賊・月光が動き出す!!
闇より現れ…邪悪を討つ!! いずれ幕末と呼ばれることになるのかもしれない日本。悪がはびこり始めた江戸の町に、四年の沈黙を破って“サムライガン”参上!! 黒い仮面に鉄カブト、見たこともない新式の連発銃…。義賊とも逆賊とも噂される“闇の組織”が動き出す!!
