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心に傷を持つ札付きのスケバンである麻宮サキ（あさみやさき）を、警視庁の暗闇警視が、サキの実父を殺し死刑判決を受けた母の執行停止を条件に学生刑事にスカウト。サキは私立探偵の神恭一郎（じん きょういちろう）達と共に学園・学校という警察の入り込みにくい組織に次々と起こる事件に挑む。

１９９×年、世界は核の炎に包まれた。破壊され、荒野と化した地球に生き残った人類は、再び暴力に支配された。一滴の水さえも奪い合う時代が到来し、弱者は虐げられるだけの過酷な運命を負わされた。そんな、ある日。一人の若者が水を求めて荒野を歩いていた。彼こそは、肉体に散在する経絡秘孔（ツボ）を突き、内部から相手を破壊するという、一子相伝の暗殺拳「北斗神拳」の使い手、ケンシロウだった。たどりついた村で、ケンシロウは牢に囚われる。牢には、バットという少年がいた。牢番をしていた少女リンは、ケンシロウの優しさに触れ、牢の鍵を渡す。そのとき、村は、豊富な食料と水が目当ての強盗組織「Z（ジード）」に襲われる……。ケンシロウの最初のライバルのシンや、最愛の恋人ユリアも登場。「週刊少年ジャンプ」やTVアニメで爆発的人気を誇り、「おまえはすでに死んでいる」のセリフが流行語にもなった一大格闘巨編、ここに復活！悲哀は、やがて愛へと変わる――。