日本ではなかったです。
北欧、ヨーロッパの辺りのイメージが強いです。

主人公は男の子で間違いないです。
中学生から高校生ほど小学生には見えず、大人にも見えませんでした。
童顔で背は高くも小さくも無かったです。

特殊な集団は能力などはなく、特殊な武器を用いていました。
序盤のみ記憶に残っていますので、もしかしたら後半で能力を持った上部の人間がいるかもしれないですが、そこはわかりません。

死体を放っておくと化け物になってしまう話で、それを祓う人達がいる漫画にコメントする