別冊花とゆめ 2000年代前半の読み切り」

とのことですが当時は雑紙でどの作品を読まれてましたか?

「〇〇と▲▲が一緒に連載されていた」
「〇〇が××編(○話)の頃だった」

などが思い出せれば時期をもう少し細かく特定できるかもしれません。

またこちらに別冊花とゆめの各年・各号に掲載されていた作品をまとめたデータベースがあります(※データの抜けもあります)。
何か思い出す手がかりになるかもしれないのでよかったら眺めてみてください。

http://comich.net/mg/betsuhana/

横から失礼します。『カードの王様』かな?懐かしい!!読んでました。
ただ単行本派だったので探されてる読切はわからない…スミマセン…今も書かれてる=連載を穫られた作家さんなのかだけでもわかるといいですね。。。。(自分も何かヒントになりそうなこと思い出したら戻ってきます)

見つかることを祈ってます…!

あ、そうですね!カードの王様です!
当時カードゲームにはまっていたのでそれと重ねて読んでいました。懐かしいです。
最後は意外な人とくっついたのでびっくりでしたw
探している漫画ですが、手掛かりを見付けたので次コメントにて解決になります!ご協力ありがとうございました…!

斑の病という全身が腐っていく伝染病にかかった主人公をパペット(医者型人形)がお世話する話にコメントする