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カナダ・アルバータ州の湖畔に佇むとあるホテル。過去に凄惨な事件の舞台となり、不穏な噂の絶えないそのホテルは、死者たちの魂を成仏（チェックアウト）へと導く特別な場所となっていた。ホテルの名は「羊飼いの宿（シェパードハウス）」全ての魂に健やかな休息をもたらす安息の館。そして、今日もまた新たな客（ゲスト）が訪れる。

吸血種と人間種の混血〈ダンピール〉の少年ソフィは、養護院から〈クラン〉と呼ばれる施設へと入所した。そこは繭期――人間種でいうところの思春期を迎えた吸血種の少年たちが集う学園。完全階級制の吸血種社会において、最底辺の存在として周囲から冷ややかな目で迎えられる中、ソフィはある一人の少年と運命的な出会いを果たす――。