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西暦2000年、南極に隕石が落下。かくして有史以来の大カタストロフィー「セカンド・インパクト」が起こった。それから15年、新たな危機が人類を襲う。「使徒」襲来である。使徒に対抗すべく、人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発。そして、パイロットに選ばれた「３人の少年少女」たちの戦いが、今、始まる――。

中学3年間で50人の女の子にふられた桜木花道。高校生となった彼は、ふと声をかけてきた女の子・赤木晴子に性懲りもなく一目惚れ。その「バスケットはお好きですか?」との問いに花道は…!?

その昔、明の国（現在の中国）の西のはずれで起こった戦争で、ひとつの村が一宇も残さずに焼き尽くされた。誰一人として生きうるはずのない焼け野原で、一人の少年が生きていた。少年の名はカイジ。一頭の虎と一緒にさまよい歩いているところを峨竜斉という男に拾われ、虎のバギと共に日本に渡る。それから数年の間、カイジは明国にいた時の記憶がないまま、峨竜斉から刺客としての技を教え込まれ、《影龍》の一員となった。その後のカイジは、峨竜斉の指令ならばどんなことでも従い、刺客として惨忍な暗殺を繰り返していった。己にいくら力があろうとも、天下取りなどに興味はない。ただ刺客として師匠の指令に従い敵の首をとるのみ…。だが、そんな暗殺稼業を繰り返していく中で、徐々にこの殺りくの日々に疑問が生じてくるカイジは、ふとしたきっかけで失っていた過去の記憶の断片が蘇ってきて…！？戦国の世に暗躍する影の刺客たち、カイジの壮絶なストーリー！！

地球に似ているとある星、その海に浮かぶ島国である＜皇国＞に北方より＜帝国＞が突如来襲した。一介の兵站将校に過ぎぬ新城直衛（しんじょう・なおえ）は惨敗を喫して撤退する味方の時間稼ぎのために＜帝国＞の進撃を食い止めることを命ぜられ…