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ちょっとした超能力が使えるのが取り柄の南丸こと、ナン丸はある日、知り合いでもない民俗学の教授・丸神から呼び出しを受けた。だが丸神は調査のため「丸神の里」へ行ったきりで戻っておらず、残された研究生からは「教授とナン丸は、同じルーツを持つらしい」と告げられ、心当たりを尋ねられた。だが何も知らない――。いっぽう「丸神の里」東北の丸川町では、殺害方法のわからない猟奇事件が起きた。失踪した丸神教授の研究内容と足取りを追って、丸神ゼミとナン丸は「丸神の里へ」おもむくが…。

高校生・藤木輝は夏休みに入った日、祖父に呼びだされ、隕石の落下地点に行くことになった。その目的は星を人に変えることだと祖父は言う。輝と香夜の父は通り魔に殺され、母親はガンで亡くなっていた。祖父は人に変えた星は願いを叶えてくれるというのだが、輝も香夜も、すぐには願い事を決める事ができない。やがて、さまざまな星たちが輝と香夜の前に現れ、星たちとの出会いが輝たちに深い影響を与えていく…。