ヒーローコミックの巨匠・石ノ森章太郎が原作である『仮面ライダーＺＸ』の少年雑誌「テレビマガジン」で連載されていたコミック版。アマゾン上空を飛行機で姉とともにＵＦＯ基地を探していた村雨良（むらさめ・りょう）は、突然現れたＵＦＯに撃墜されてしまう。そして、悪の組織・バダンによってサイボーグとして改造手術をされた良は、目の前で姉を殺された怒りで自分を拘束する鎖を引きちぎるのだが……!?

ある日ゲームプログラマーの羽具が殺される事件が起きる。現場にかけつけた刑事・村越にこっそり付いて来た弟のジュンは、この事件に挑むことになる…！　少年探偵ジュンの推理が冴え渡る！

昭和16年12月1日、天皇の勅命によって、真珠湾攻撃中止命令が下された。しかし、この命に従わず、謀略作戦を繰り広げる陸軍を、東条英機と「影の組織」が渾身の力をふり絞って阻止する。そして２年後、海軍は遂に空母主体の大機動艦隊、「新八八機動艦隊」を誕生させた。いままさに、日米両機動艦隊が太平洋を舞台に激突する。