時は幕末。木曽の山奥で剣の修行に励む少年・あまがきは、育ての親から、実の父親は勤皇の志士、甘井柿兵衛と知らされる。あまがきは妹のわらびと共に、勤皇方にとって大事なピッコロ笛を守り、京にいる坂本竜馬に会うため旅に出る。しかし、小役人のおに吉の執拗な追跡を逃れ、京に辿り着いた二人に危機が!　だがそんな二人の窮地を救ったのは、正義の剣士・はやぶさ頭巾だった!!