平凡な高校生・深町晶は、謎の物体“ユニットG”を手にした事で無敵の殖装体“ガイバー”となった。ユニット奪還をもくろむ、秘密結社クロノスとの死闘が始まる!!
事件の陰に暗躍するガイバーIII!!不思議な力を持つ謎の人物・村上の登場!!戦いが混迷を深める中、遂に晶の友人・瀬川兄妹が捕らわれ、父・史雄が連れ去られる…。
戦いの舞台は、クロノス日本支部の本拠“遺跡基地”へ。強敵・超獣化兵五人衆の出現!!そして、最高幹部ドクター・バルカスの非情な罠が晶を待ち受ける!!
心ならずも父を手にかけてしまった晶は、トラウマから殖装不能に陥る。獣神将試作体・村上の活躍で辛くも危機を脱する一行。だが、そんな彼らの前に獣神将ギュオーが立ち塞がる!!
仲間の仇・深町晶を付け狙う損種実験体アプトム。バルカスの手で再調製を施された彼の肉体は、恐るべきパワーアップを遂げていた。甦れガイバーI!!捕らわれた瑞紀を救え!!
クロノス研究員・小田桐らの協力で、遺跡基地の地下深く潜入を果たした晶たち。そんな折、組織への叛意を抱いたギュオーの前に不思議な少年が降り立った。果たして、その正体は!?
クロノス総帥・アルカンフェルの登場!!ギュオーすら戦慄を覚える、その力とは…!?一方、晶と巻島は反撃の糸口を求めて“遺跡宇宙船”の内部探索を開始していた…。
晶が操る遺跡宇宙船が起動し、遺跡基地は瓦解していく。上昇する宇宙船の上で、遂に対決の時を迎える村上とギュオー。最高幹部“十二神将”も集結し、天地を揺るがす一大決戦が始まる!!
一斉蜂起したクロノスによって、全世界は僅か一日で完全制圧されてしまう。晶の生存を信じ、クロノス支配下の街で隠れ暮らす瑞紀たち。そんな彼らを密かに見守るアプトムだったが…。
強敵・ネオゼクトールの猛攻の前に、アプトム、ガイバーIIIともに深手を負い絶体絶命となる。その時、瑞紀の祈りに応え遂に深町晶が帰還する。新たなる力“巨人殖装”を纏って!!
13人目の獣神将…それは最高幹部“十二神将”の一人として甦った村上征樹だった。一方、死海では、一堂に会した十二神将の手により“大いなるもの”が目覚めようとしていた!!
隠れ住むアパートが襲撃を受け、遂に村上=獣神将イマカラム・ミラービリスとの対決を余儀なくされる晶。高空に展開する、哀しき超絶戦闘の行方は!?
晶から“蛹”を託され、黒い巨人殖装となったガイバーIII!!その戦闘力はイマカラムを圧倒し、横浜を火の海に変えた戦いは終わりを告げる。自分と顎人の決定的な違いに、思い悩む晶は…?
北米に渡った顎人は、巨人殖装の力でアリゾナのクロノス本部基地を襲撃する。自らが率いる地下組織“ゼウスの雷”の戦力増強を目論み、新たなステージへ踏み出した顎人の野望とは…!?
聖域シラー島のバイタル・ポッド内で傷を癒すイマカラム。眠り続ける彼にポッドがもたらす超古代の記憶。今、人類創生そしてアルカンフェル誕生の真実が明かされる!!
クルメグニクの策略で、ガイバーギガンティックと獣神将プルクシュタールは対決の時を迎える。天候に干渉し雷撃を操る獣神将と、死力を尽くし戦う晶!!その時、ワシントンの顎人は…?
生体巨艦“方舟”が蓄積したエネルギーを与え、イマカラムを復活させるアルカンフェル。記憶の一部を共有し、奇妙な絆で結ばれた二人。だが、イマカラムの精神には、ある変化が…!?
囚われたアプトムを救出する為、速水と共にクラウド・ゲートへ潜入する晶。一方、顎人は新調製体リベルタス、そして彼らを統率するグリセルダ=志津を率いてアリゾナ本部へ攻め込む!!
統制局舎クラウド・ゲート内を探索し、遂に石化したアプトムを発見する晶と速水。だが、蘇生されたアプトムは獣神将カブラールに操られ、二人に襲いかかる!!
アリゾナ本部最下層に攻め入ったギガンティック・ダークを、バルカス、李エンツイ、ワフェルダノスら三神将が迎え撃つ。その頃、ガイバーの動向に注目するジャーナリストの麻生は…。
有翼の獣化兵ヴィカルルの襲来!!急所コントロール・メタルへ攻撃を受けた為、殖装が解除され昏倒する晶。敵前に無防備な姿を晒す晶の運命は…!?
麻生の口から語られる村上の過去と謎の失踪。二人は大学時代からの友人だという。一方、敵を欺き再殖装を果たした晶は、アプトムを操る敵に対し反撃を開始する!!
激闘の末、晶は獣神将カブラールの呪縛からアプトムを解き放つ事に成功する。速水の死という代償と引き換えに…。速水の遺志を受け継ぎ、新たな闘志を燃やす晶とアプトム!!
晶が巨人殖装を取り戻した事で顎人は敵前でガイバーIIIに戻るが、知略を尽くして三神将を撃破、遂に念願の“航行制御球”を手にする。その頃新宿では、カブラールの身体に異変が…!?
クラウド・ゲート中の全獣化兵の肉体を融合同化し、60m.を越える巨獣神となったカブラール。だがその時、晶の意志に呼応しギガンティックに秘められた“真の力”が発動する!!
ワシントンの統制局舎に、突如、新たなガイバーが出現する。“人造コントロール・メタル”を盗み出し4番目の殖装者となったのは、女監察官ヴァルキュリア。果たして彼女の目的は!?
来日したヴァルキュリア=ガイバーIIFを、次々と襲うクロノスの刺客たち。修羅の如き勇猛さでこれらを撃ち破るIIF。そんな折、クルメグニクらの助勢を得て“あの男”が還ってくる…!!
ガイバーIIFを追撃するクロノスの精鋭部隊!しかしその前に立ち塞がったのは元獣神将ギュオーだった!一方、ガイバーIと因縁の決着をつけにガイバーIIIが急遽帰国を果たす!
哲郎達を人質にすべく小田桐邸を襲撃するギュオー、ウーヌス、そしてガイバーIIF。ガイバーIIFに加え、合体して強くなったギュオー・クワドリガ、ダイマー、トライマーの前に迎撃するリベルタスとグリセルダは……
アポルオンに拉致された瀬川兄妹は絶海の孤島で目覚め、謎の青年と出会う。一方、兄妹の行方を求めるガイバー達は仇敵である十二神将・シンとの電撃的な会見に臨んでいた…!ガイバー新形態も登場の「ガイバーサーガ」第30巻!!