第一話日常的に怪獣が襲来する2030年の現代。日本も例外ではなく、防衛組織「特生対（とくせいたい）」を各地に配置して防衛に当たっていた。しかし中には、特生対でさえ倒せない強大な怪獣も存在する。そんな相手への切り札が、「怪獣殺し」と呼ばれる存在。その正体は、普段は高校生として普通に過ごす少年、大都一樹（おおとかずき）だ。彼は、家族を守るため、その力を人知れず振るうのであった――。