省エネを自分のスタイルとする奉太郎だが、姉の命令で「古典部」に入部することになってしまう。部室を訪れた奉太郎は、そこで好奇心旺盛な少女「千反田える」と出会い「部室密室事件」に遭遇してしまうのだが!?
奉太郎は同じ古典部員である千反田えるから入部した理由を聞かされる。それは彼女の叔父が45年前に関わった事件の真相を調べるためだった。えるに押し切られ手伝うハメになった奉太郎は事件の解明に乗り出す。
ついに45年前の「事件」の核心に近づいた奉太郎。45年前の古典部部長・関谷純からのメッセージを現「古典部」が受け取る!えるから始まった「氷菓」事件ついに完結!
えるに誘われ、自主制作のミステリ映画を見ることになった奉太郎達。しかしそれは脚本担当が倒れてしまいトリック部分だけが抜けたものだった。えるに頼まれてしまった奉太郎はそのトリックを探ることになるのだが!
先輩達の話を聞き終えた奉太郎達だが、参考になる話はなかった。自分のモットーである省エネ主義を貫こうとした奉太郎だが、入須直々に「才能がある人がやるべきだ」と説得され、独自のトリックを考えるのだが!?
プールで起きた事件とは!?さらに「クドリャフカの順番」編も開幕!!奉太郎は強引な姉に流され、プールの監視員のバイトをすることに。そこで女子中学生グループから「イヤリングを探してほしい」と依頼されるのだが!?さらに、文化祭も開幕し「クドリャフカの順番」編に突入!!
いよいよ学園祭が始まり、印刷所のミスで200部も刷られてしまった部誌「氷菓」を売り切るため、古典部のえる、奉太郎、摩耶花、里志はそれぞれの立場で悪戦苦闘するのだが!?
奉太郎の機転で、無事「ワイルドファイア」を切り抜けた「チーム古典部」。大会後、「お玉」が無くクレームを入れる摩耶花だが、その場にいたえるが「十文字」からの犯行声明文を見つけこの事件に興味を持つのだが!
カンヤ祭に突如現れた「怪盗十文字」!探偵志望の生徒の監視をあざ笑うかのように犯行を続ける十文字。えるは放送部のインタビューを受け、十文字に古典部の「校了原稿」を賭け勝負を挑むのだった!
ついに「怪盗十文字」にたどり着いた奉太郎。奉太郎の推理が「十文字」の謎を解き明かす!そして、古典部メンバーの晴れやかでほろ苦い学園祭の幕が下りる。
中学時代にバレンタインのチョコを里志に受け取ってもらえなかった摩耶花。今年こそはと、えるにも手伝ってもらい会心のチョコレートを仕上げた摩耶花だが、所要で直接渡せず部室にチョコを置いていたのだが…。
えるから「生きびな祭り」の傘持ちを頼まれた奉太郎。神社に着くとルート確認をしており、奉太郎は長久橋が工事で通れなくなることを告げる。突然の事態に現場がざわついていると、えるが奉太郎を呼び出すのだが…。
新入部員獲得のため、奉太郎とえるは「新勧祭」に繰り出した。雑談の中で「製菓研」のテーブルに違和感を覚えたえる。そこに新入生の「大日向友子」が現れ、三人で謎に迫っていくーーー。
漫画投稿を続けていた摩耶花は小さな賞ながらも受賞した。一層執筆活動をがんばろうとしていたところ、「漫研」内の「描く派」「読む派」が対立し、「描く派」認定されている摩耶花も巻き込まれ…。
漫研騒動に巻き込まれ、漫画製作用の「ノート」を羽仁に盗まれてしまった摩耶花は里志と今後の対応について話し合う。まずは相手の出方を待つことにするが、すると羽仁から「放課後、パイロンに来て欲しい」と呼び出され、摩耶花は指定の店に出向くとそこには予想外の人物が待っているのだった!
チャンスは3回。オープン前の喫茶店の「店名」は!?大日向の頼みで、オープン前の喫茶店のモニターとして古典部メンバーと行く事になった奉太郎。しかしまだ喫茶店には看板が無く「店名」が気になり始めた大日向は、古典部メンバーと共に推理し始めるのだった。