映画「ゼブラーマン―ゼブラシティの逆襲―」に伴い５年振りに宮藤官九郎×山田玲司の大ヒットコミックス「ゼブラーマン」も堂々復活!!かつて愛する街を集団テロ組織・銀河教会から救ったヒーローおたくのダメ教師・市川新市は、一時的に本物のヒーローとなった。しかし、街の治安は再び悪化し、犯罪者によって妻と娘、さらには初恋の人まで失うことに………失意の新市は、街から姿を消した。10年後、街はゼブラシティとなり、怪しい者は容赦なく逮捕されるゼブラタイムが実施されていた。人生に白黒つけるゼブラーマンの戦いは、思いもよらむ結末へ…!!