未来の特異点を修復するため、主人公・藤丸立香は再びレイシフトし、途方もない戦いに身を投じる。「ウメハラ FIGHTING GAMERS!」の西出ケンゴローが「FGO」に新たな命を吹き込む!
安全ポイントへ向かう藤丸は、センチネル「イシュタル」と「タマモキャット」と遭遇する。果たして2騎の目的は?そして姿を現わす“反転”した英霊…。SE.RA.PHの聖杯戦争は凄惨な戦いへと変貌する!
2014年、セラフィックスに赴任したセラピスト。彼女の記憶にアクセスした藤丸は、一連の戦いの黒幕が「魔神柱」かもしれないと疑念を持つ。ガウェイン、メルトリリス、エミヤ〔オルタ〕を伴い裏側へと向かう!
強力な能力(イデス)を有するパッションリップとの避けられぬ戦いが始まった。圧倒的不利を挽回するためBBがとあるサーヴァントを召喚する。一方、裏側に取り残されたエミヤ〔オルタ〕はイシュタルと接触し…。
パッションリップを救出し、一息つく藤丸一行。一方、単独で行動するエミヤ〔オルタ〕はイシュタルから「休戦」の申し出を受ける。仄めかされる暗躍者やSE.RA.PHの影。不穏が深まる中――魔神柱が顕現する。
順調にSE.RA.PHの攻略を進めていく藤丸たちの前に立ちはだかるは……名前も知らぬマスターの願いを達さんと刃の雨を降らす、鈴鹿御前。宿敵たる彼女との決戦が、幕を上げる。
最後のセンチネル・鈴鹿御前を仲間に加えた藤丸立香たちの前に現れた魔神柱によって、メルトリリスはセラフィックス最下層に落とされてしまった。SE.RA.PHが海底に到達し、すべてが消え去ってしまうタイムリミットが迫る中、メルトリリスを救うため決死の降下作戦を開始する!しかし、下降するために使った命綱であるエミヤ〔オルタ〕のワイヤーがいつの間にか消えており…?