西暦2977年。海をなくした地球には、未開の宇宙に飛び立つ男たちを笑い、目に迫った危機にもまともに対処しない、気力を失った人々が繁栄を貪っていた。地球に絶望していた少年・台場正の眼前に、髑髏の旗がはためいた時、彼の運命は動き出す……。宇宙最高の船アルカディア号に己の運命を託し、なにものにもとらわれない宇宙の男・ハーロック。台場正は、彼の生き様に何を思うのか……。