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沼倉孝一は、幼い頃に木村という名のヤクザに母を奪われた。復讐を誓った沼倉は、漫画『北斗の拳』を読み続けることによって伝説の暗殺拳を体得し仇を討とうとする。これは復讐に燃える男が暗殺拳を極めようとした果てに人々を幸せにする物語である。

永禄大学付属病院の研修医・斉藤英二郎。その月収はわずか3万8千円――。生活のためには他の病院でのアルバイトは欠かすことができない。ある日の夜、アルバイトとして訪れた誠同病院で当直を任された斉藤の元に、交通事故で瀕死の患者が運び込まれる。他に医者はおらず、いるのは経験も何もない“研修医”である自分と看護師だけ――。剥き出しの“命”に対面したその時、斉藤は…？

１９９×年、世界は核の炎に包まれた。破壊され、荒野と化した地球に生き残った人類は、再び暴力に支配された。一滴の水さえも奪い合う時代が到来し、弱者は虐げられるだけの過酷な運命を負わされた。そんな、ある日。一人の若者が水を求めて荒野を歩いていた。彼こそは、肉体に散在する経絡秘孔（ツボ）を突き、内部から相手を破壊するという、一子相伝の暗殺拳「北斗神拳」の使い手、ケンシロウだった。たどりついた村で、ケンシロウは牢に囚われる。牢には、バットという少年がいた。牢番をしていた少女リンは、ケンシロウの優しさに触れ、牢の鍵を渡す。そのとき、村は、豊富な食料と水が目当ての強盗組織「Z（ジード）」に襲われる……。ケンシロウの最初のライバルのシンや、最愛の恋人ユリアも登場。「週刊少年ジャンプ」やTVアニメで爆発的人気を誇り、「おまえはすでに死んでいる」のセリフが流行語にもなった一大格闘巨編、ここに復活！悲哀は、やがて愛へと変わる――。