更に思い出した事があるので追記です。
続き物でなく1話完結の物をコミックにしていた物なのでその中の1話だったと思います。
ついでに義姉の方はエヴァンゲリオンの赤木リツコのような髪型だったと記憶してます。
何せ最後に読んだのが約20年ほど前になるので曖昧ですみません。

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新世紀エヴァンゲリオン

新世紀エヴァンゲリオン

西暦2000年、南極に隕石が落下。かくして有史以来の大カタストロフィー「セカンド・インパクト」が起こった。それから15年、新たな危機が人類を襲う。「使徒」襲来である。使徒に対抗すべく、人類は汎用人型決戦兵器「エヴァンゲリオン」を開発。そして、パイロットに選ばれた「3人の少年少女」たちの戦いが、今、始まる――。