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対話不能の異生物・ガウナ（奇居子）に太陽系を破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する、巨大なる播種船・シドニア。シドニアの最下層で育った青年・谷風長道（たにかぜ・ながて）は、衛人（モリト）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛（ツグモリ）への搭乗を許される。長道の命を賭（と）した戦いが今ここに幕を開ける！

西暦3005年、7世紀ぶりに火星への有人飛行を成し遂げた人類。すでに廃墟と化し、水も酸素もないかつての入植地で、探査船乗組員は1人の女と出会う。その後、帰還中に探査船は地球周回軌道上で大破。発見された乗組員の遺体は未知のウイルス【N5Sウイルス】に冒されたまま、軌道上を漂い地上に胞子を撒き散らしていた…。半年後、地球。東亜重工のエージェント、合成人間庚造一は、DRFの管理下にある人工島【9JO】に潜入。そこはすでにN5Sウイルス感染者（ドローン）で満たされていた…!!ウイルスの地表全域拡散まで残り約15時間。造一はN5Sウイルス適応者を探し出し、保護することはできるのか!?弐瓶勉が描いた伝説的SF作品「バイオメガ」が描き下ろしカバーで、強力復活!!巻末には東亜重工エージェント“丁伍宇”の任務を描いた外伝的読切「バイオメガ―interlink―」を収録!!