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海上自衛官の秋月三佐は自身の乗船する艦にて、突如新兵器を搭載した謎の潜水戦艦の攻撃を受け、艦を沈められる。重傷を負ったが、一月後にはその潜水戦艦を追い、また海へと出る。その中、秋月三佐の弟であり、主人公の秋月健太郎は天才的なロボット科学者・天馬博士と出会う。そして秋月兄弟と世界征服を企むマフイ団との戦いがはじまっていく――。

下町のバーに一人の男が立ち寄る。汚れた身なりの男は、隣の席でたむろしていた男に喧嘩を売られたが、圧倒的な腕っぷしでねじ伏せた。その喧嘩を見ていた猪又の老人に拾われ、佐伯組の用心棒をやることになった。記憶喪失だという男は、次第に自分の名前、そして記憶を失った場所をを思い出していく。そこは南の荒れ果てた土地にある――　地獄門だった。

それは一本の豪刀として、戦国乱世で人々を切り続けた業物を二振りに打ち分けたのが、妖刀・乾雲と坤竜。離れれば互いを引きよせあい、所有者に災いをもたらす二振りの妖刀をめぐり、独眼隻腕の剣士、丹下左膳（たんげさぜん）が江戸を舞台に熾烈な戦いを次々繰り広げる、ノンストップ剣術アクション!!　果たしてその刀を手にするのは一体……。

転校初日、飯島護人は担任・マコ先生の謎のかばん触れた途端、別世界の光景がフラッシュバックする。ふと魔が差し、こっそり鞄の中身を覗いたそれは、別世界への扉だった!?　二つの世界が繋がってしまい、魔女のマコ先生に力を授かり、ドラゴンと戦うことに――!?　魔法が解き放つ、マジカルアクション！