人理保障機関カルデアに所属するマシュは、ある日一人の少年と出会う。彼――藤丸立香は、これから行われる人類史の未来を守るというミッションに参加する為に集められた一般人のマスター候補生だった。だが、その作戦の直前、カルデアの内部で原因不明の爆発が起こり……。人類最後のマスターとなった少年と、彼の盾として立つ少女の聖杯戦争が今、始まる――！