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ある時代を境に結界で隔離され、独自の文化を築いてきた土地「幻想郷」――。その人里にある貸本屋「鈴奈庵」の娘・本居小鈴は、妖魔本を読む能力に目覚める。妖魔本とは、妖怪の存在を記した本、妖怪が書いた古典、妖怪が人間宛に描いた本、魔法使い向けの魔導書などのことである。それは同時に、鈴奈庵を妖怪の脅威にさらすことになるのだった……！博麗霊夢、霧雨魔理沙、稗田阿求などを巻き込み、新たな妖怪騒ぎが始まる！