20世紀末に一大ブームを巻き起こした麻宮騎亜の伝説的作品、超魔導×電脳バトル巨編『サイレントメビウス』が四半世紀の時を越えて大復活!前作、人間vs.妖魔の大戦終結から17年後のトウキョウ。新生した対妖魔用特殊警察＝AMP（通称アンプ）所属の美女たちが、謎の巨大テロ事件に挑む。だがそれは、人間と妖魔を巻き込んだ、大いなる変革の序章でしかなかった──。