ある日突然、謎の光が少年「吾妻桃真」を包み込む。その瞬間に巨大ロボット「神衣」が出現、瞬く間に地上は戦場と化していく・・・。逃げ惑う人々、飛び交うミサイル群、そして敵として現れた実の妹「まほろ」。茫然と立ちすくむ桃真であったが負傷した友人を守るため、そして妹を取り戻すために「ツグヨミ」と呼ばれる機体に乗り込む！