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天草四郎一党の子孫たちは火炎隊を組織し、徳川将軍家に復讐するため、江戸城爆破を計画していた。そんな火炎隊を、大岡越前之守の命で探っていた剣之助だが、火炎隊に囚われ、セメントで足を固定されて海に落とされてしまった。駆け付けた河岸たちによって引き上げられるも、剣之助はなかなか目覚めず、爆破時刻が刻一刻と迫る…。果たして、剣之助は爆破を阻止できるのか…!?

黒手組にさらわれた、松葉城百万石の若君のおもり役・しのぶの方は、剣之助の母の形見と同じお守り袋を持っていた…。母の手がかりを求め、しのぶの方を探す剣之助だったが、黒手組の罠にかかり、彼らのアジトの地下へと迷い込んでしまう。そこでしのぶの方と出会った剣之助は、彼女と共に脱出を図るが、またもや敵の罠にかかってしまう。追い詰められた剣之助を、身を挺して守ろうとするしのぶの方だが…。

秘密兵器・うごく城の戦車で江戸城を攻撃する地獄の顔一味。だが、夜の帝王こと矢車剣之助、大岡越前守、江戸の火消し衆らの活躍により、戦車は崖から海へ落とされた。その後、水陸両用に改造された戦車は、剣之助の母親と百万両の御用金を積み、奥州へ向かう、あおい丸に襲いかかってきた。剣之助たちが救出に向かうが…。

牛のツノに隠された江戸城の見取り図を狙う、甲賀五列組の江戸城攻撃が始まり、彼らの動く岩が天守閣の下まで押し寄せた。覚悟を決めた幕府だが、夜の帝王こと矢車剣之助により救われた。しかし、甲賀五列組と通じている老中の甲斐守は、五列組に命じて、ジャマな存在の剣之助と大岡越前守を動く岩で襲わせる…。

鍋島藩の重臣を狙う殺人鬼・黒神典才。死体には水に濡れた折り鶴が残っていた。剣之助は凍らせた折り鶴が凶器と見抜くが、黒神一味が次に狙う大岡越前守に危機が迫る。間一髪、越前守を救った剣之助に、黒神一味が次々と襲いかかる。彼らの目的は、琉球から江戸に来るという親善使節団が持っている宝石・コロナの目。その秘密とは!?

琉球からの使節団が持っている宝石・コロナの目を奪おうとする黒神典才。しかし、その陰には、火炎頭巾とオオカミ仮面という黒幕が潜んでいた。山田長政の発明した新兵器の隠し場所が記されている、三つのコロナの目。そのすべてを手にしたオオカミ仮面は、箱根・鬼が谷で設計図手に入れ、江戸に戻って新兵器を作ろうとするが…。

謎の集団・黒衣団の団長は、なんと、剣之助母子の住む長屋の隣に住んでいる老人だった。その黒衣団に恨みを持つ黒衣団別動隊は、剣之助と協力し、黒衣団と闘う。そして、鷹狩りをする伊達藩を襲撃し、伊達藩壊滅を企てる黒衣団。剣之助、大岡越前守らを巻き込み、黒衣団、別動隊の壮絶な闘いの幕が切って落とされた。

肩に傷を負いながらも、大岡越前守と共に、将棋隊に拉致された将軍を救った剣之助。それからしばらくの後、江戸はそのものであったが、ある日、佐賀藩の絵巻を狙う怪猫仮面の一味と、伊賀殺法組の二つの敵が現れる。互いに絵巻を巡って闘いを繰り広げ、そんな彼らに翻弄される剣之助と越前守だったが…。絵巻に隠された秘密とはいったい!?