東雲ミギリ、正門二羽香、竹芝千歳の3人は同じ高校に通う仲良し女子高生。ある日、学校の屋上で、柱時計を拾ったことから3人の日々は大きく変わることに……!?
元の世界に戻すために、世界に散った時の司者<ギオン>を集めることになったミギリたち。そんな中、ミギリの友人・千歳が、ギオンのひとりであるアシャラによって捕まってしまう。さらに仲間のギオン・イニまで捕まってしまい……?
時を崩壊させ、世界を終わらせようとするギオン・アディーンと、ミギリたちの最後の戦いが始まる!戦いの末にミギリたちが出した答えとは……。