世界大戦時代。機械が原因不明の不良事故を起こす、飛行機のパイロットが行方不明になると言う事件が発生していた。人々はそれをいたずら好きの妖精　グレムリンの仕業を考え恐れていた…。某大きな大仏様で有名な県から引っ越して来た春日ひより（小５）は本日から新しい学校に通う事に。しかし、名門私立とは知らなかったひよりは初日から学校で浮いてしまう。学校に忘れ物をしたひよりはクラスメイトの東間くんと一緒に放課後の校舎へ忍び込む事にするが、そこで２人は未知の生物と遭遇する事に！