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父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄を忘れられない少女アスナ。そんなアスナの前にある日、アガルタという遠い地から来た少年シュンが現れる。二人は心を通わせるが、シュンは突然アスナの前から姿を消してしまう。「もう一度あの人に会いたい」と願うアスナの前にシュンと瓜二つの少年シンと、妻との再会を願いアガルタを探し求める教師モリサキが現れる。そして開かれるアガルタへの扉。３人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る――。