記憶を失った双子の兄妹、オルドリンとオルフェウス。二人は数奇な運命の元、テロリストと弾圧者として、再び邂逅することとなる――「トウキョウ決戦」に至る、もうひとつの「コードギアス」。ここに開幕!
スペインの反ブリタニア組織「マドリードの星」の側から、テロ弾圧の惨状を目にするオルドリン。その胸には、弱者を虐げる強者への、純粋な怒りが燃えていた――己の素性を知らぬまま、彼女がとった行動とは!?
己の失った記憶を探すため、叔父・オイアグロと旅をするオルドリン。旅の途中、虐げられる人々を、そしてオルフェウスの思い出を目の当たりにしたオルドリンは、あるひとつの「決意」を固めることとなる。
己の在り方を掴み直したオルドリンは、グリンダ騎士団の制服に再び袖を通す。レオンハルト、ソキア、ティンク、――そしてマリーベル。かつての仲間達と共に、彼女は世界へ挑んでいく。
最終決戦に向けて共闘を開始したオルドリンとオルフェウス。マリーベルとの約束。エウリアの面影。そして、大切な仲間たち。双つの魂は「虹の向こう」への手を伸ばす。コードギアス正史に連なる物語、最終巻。