夜の学校でひそかに運営されているという噂の、なにやらいかがわしい秘密クラブ。武士郎は、なかば同居生活をしている幼なじみが、「トノコ」という名でそこに関わっていることを知る。「ばけものくらぶ」というその秘密クラブに潜入した武士郎。それが不可思議な体験のはじまりだった。男の娘（？）×男の子×???の、日常系ばけものストーリー始動!!　夜の学校でひそかに運営されているという噂の、なにやらいかがわしい秘密クラブ。武士郎は、なかば同居生活をしている幼なじみが、「トノコ」という名でそこに関わっていることを知る。「ばけものくらぶ」というその秘密クラブに潜入した武士郎。それが不可思議な体験のはじまりだった……。日常系ばけものストーリー始動!!

桜坂高校の新入生として、入学式に出席した國春は、学校でただ一人の生徒会役員にして生徒会長の小桃から指名され、副会長に就任することに。桜色の髪をたなびかせるチビっ子の会長には、一つの秘密があった。実は、学校近くの神社に祀られている神様だということだ。その事実を共有した國春は、どうにかして「桜坂高校をもっと面白い学校に！」と意気込む小桃の助けになりたいと願うのだった――。天然元気印の葵、奥ゆかしい麻子、社長子息の冬悟ら、個性豊かな新・生徒会メンバーの勢いに巻き込まれつつ、國春の生徒会ライフが開幕！