他のメンバーとの接触を避け、ナンバー４は「帰らずの森」で孤独に暮らしていたが、屋敷を焼失し再び町で暮らすことに。相変わらず引き籠もるナンバー４を、ナンバー６たちはなんとか仲間に入れようとするが、彼女には他に気になることが。それは８か月前に島へやってきたはずのナンバー７が、それ以前の島の写真に写っていたこと。その真相を聞きだそうとするが…!?

緯度不明。経度不明。そこはただ「島」とだけ呼ばれ、番号（ナンバー）で呼ばれる記憶を失った６人の少女たちが衣食住を保障された終わりなき日常を送っている。脱出不可能な「島」から脱走を画策するナンバー６は、島民最年少のナンバー３の傷ついた心を癒やし、「島」を「卒業」する権利を得た。一方、ナンバー２の元には、「追放」を知らせる手紙が届く…。果たして「追放」の意味とは!?ナンバー６は無事「卒業」できるのか!?数多の謎が解明される、かも!?刮目の第３集登場!!