1999年、南アタリア島に正体不明の宇宙人の戦艦が落下。地球人はこれを機に地球統合政府を樹立、同時に宇宙人の戦艦をマクロスとして改装した。2009年、マクロスは進宙式の最中に勝手に起動し、大気圏外に近づいていた宇宙人ゼントラーディ軍の宇宙船を撃墜してしまう。 ゼントラーディ軍の反撃による混乱の中でアクロバット飛行のパイロット一条輝は偶然可変戦闘機バルキリーに乗り込み、歌手志望の少女リン・ミンメイ、統合宇宙軍中尉・早瀬美沙と知り合うこととなる。その後マクロスは地球を離れ、一条輝は軍のパイロットとしてゼントラーディ軍と戦うことになる。