《アインクラッド》のデスゲームをクリアし、現実世界に帰還したキリトこと桐ケ谷和人。しかし彼が愛した少女、《閃光》のアスナこと、結城明日奈は未だ目覚めていなかった。さらには、明日奈の婚約者を名乗る男・須郷伸之が現れ、彼女と式を強行すると言う。打ちひしがれる和人だったが、エギルからもたらされた一枚の写真から陰謀の予感を覚えた彼は、新たなVBRMMORPG《アルヴヘイム・オンライン》へとダイブする!
未だ意識の戻らないアスナを取り戻すため一人VRMMORPG≪アルヴヘイム・オンライン(ALO)≫へ飛び込み≪世界樹≫を目指すキリト。そこで彼はあるシルフの少女と出会った。名はリーファ。剣に長けた熟練プレイヤーの彼女はキリトに深い事情があることを察し≪世界樹≫への案内を引き受けてくれたのだった。しかし――実はリーファの正体はキリト――桐ヶ谷和人の妹・直葉。彼女がキリトの手助けを申し出たのはひそかに想いを寄せる兄・和人の面影をキリトに見ていたからだった。互いに手を取り合いながらも、想いはすれ違ったまま二人は≪世界樹≫へ向け旅を続ける――!!
囚われたアスナを救え──!次世代VRMMO≪アルヴヘルム・オンライン≫でのキリトの戦いを描く≪フェアリィ・ダンス≫編、ついに決着!