アベンジャーズとDr.ドゥームの戦いのさなか、傷ついたスパイダーマンが異次元列車により、別の世界に飛ばされてしまう。そこは、なんとウルトラマンのいる世界だった。ウルトラマンの宿敵メフィラス星人とスパイダーマンの後を追ってきたDr.ドゥームがまさかの共闘。迎え撃つウルトラマンとスパイダーマンに様々な困難が降りかかる。果たして、勝つのは…。かつてないドラマチックな物語が今、始まる！