あらすじギル教授の基地を破壊し、光明寺博士を取り戻したジローは、飛騨の山寺で、兄「キカイダー01」と出会う。そこへ、ハカイダー4人衆に追われて女性と幼い少年が逃げ込んで来た。なんと少年はギル教授の息子。教授が開発した最終兵器「ジャイアントデビル」の設計図をその体に隠され、同情した看護師ルミ子に連れ出されたのだ。さらに、最終兵器を狙うもう一つの巨大組織「シャドウ」が現れ、事態は恐るべき三つ巴の様相に…!?