あらすじ連絡不能の科学要塞研究所に向かった剣鉄也(つるぎ・てつや)のグレートマジンガーは、ヤヌス侯爵に操られた炎ジュン(ほのお・じゅん)のビューナスAに襲われる。抵抗すればビューナスAを自爆させると脅された鉄也は、窮地に陥ってしまうが……!?一方、宇宙科学研究所にいたマリア・フリードは、鏡の中から現れたエバインに襲撃されて……!?