今どこかで何かが起こっている!!――それは１枚の手紙から始まった。謎に包まれた超常現象、ミステリーサークルが、とうとう日本にも出現!!UFOのしわざかそれとも自然現象なのか!?神秘の究明のため、我らが少年マガジンが特別プロジェクトを組んだ!!そう、MMRマガジンミステリー調査班だ!!連載当時大ブームを巻き起こした大人気作が再び読める!!

1999年、ノストラダムスの終末予言の解明に全力を尽くしながらも、謎の組織の妨害により解散に追い込まれた、マガジンミステリー調査班MMR……。しかし、彼らの情熱と探究心は消えていなかった！新生MMRが新たな謎に挑む!!

MMRリーダー・キバヤシのもとに突如送られてきた、謎の小包。そこには人類の破局を示唆する、ノストラダムスの予言詩が収められていた！　詩の内容を紐解いた時、戦慄すべき人類の危機が明らかになる!!