2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンデ」と名付けた。圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。対ブリガンデ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。刀侍の前に現れた”人間そっくりな”ブリガンデ「ウノ」。彼の目的は、刀侍の「鬼神化」の能力だった。「ウノ」が放つブリガンデに対して、たった一人で戦いを挑む刀侍。戦いで自分の限界を悟り我を失いそうになったとき、刀侍のもとに各国の旗本たちが駆けつける!