2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンデ」と名付けた。圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。対ブリガンデ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。突如現れた”人間そっくりな”ブリガンデによる猛攻に対し、旗本たちも大技「コネクト」を発動させる。ブリガンデを退けたものの、旗本たちも大きな代償を払うことになった……絶望的な状況を前に刀侍は改めて戦う意味を見つめ直すため、ある場所を訪れる。