小学六年生の西鍵健一（ホームズ）は警視庁秘密捜査課の警視。ほかに同級生の北原真古警部（マープル）や四年生の明石小五郎警部補（コゴロー）がいる。ある日、ホームズたちは推理作家の原田源造にさそわれて彼の家を訪れた。そこで彼は三人の息子たちのだれか一人に自分が殺されるかもしれないとホームズたちに告げる。どうやら巨額の遺産の寄付が原因らしい。そして、その夜、書斎に閉じこもっていた原田源造が殺されてしまう！　事件発生当時、書斎は完全な密室状態で、凶器も見つからなかった。はたして犯人はどんな手口で原田源造を殺害し、どうやってこの密室をぬけだしたのか？　三人の息子たちのいったいだれが犯人なのか!?　この謎にホームズの推理がさえわたる!!