主人公のミライは小学生の時にカードゲーム「デュエル・マスターズ」、略して「デュエマ」にハマっていた。時が経ち中学生となり、そんなことはすっかり忘れていたのだがひょんな事件から小学生の時に埋めたタイムカプセルを掘り起こすことに…。中から出てきたのはデュエマのカード。そして時を同じくして現実世界でクリーチャーを目撃することに…。突然、現実世界でデュエルを行う運命になったミライの「なぜこんなことに？」は物語が進むごとに次第に明らかとなる…。

池谷めだかは中学生にしてメジャーリーグを目指す、将来を嘱望される投手。だが、県大会の決勝戦で完封と引き換えに、一生投げられない大けがを負ってしまう。失意に沈むめだかの前に現れたのは車椅子の少女、美咲。彼女を勇気づけるため、無謀にもフルマラソン出場に挑む!!　そしてここから、野球ではない、新たな才能が開花し始める…!!

次々と難手術を成功させ、世界中のアスリートから「復活師」と呼ばれるレオン。負傷した膝を治すため、ワールドカップ日本代表の田中は手術を依頼するが…。