資源調査船の乗組員全員が行方不明になる事件が世間を騒がす。城原真都は中学２年生、渦中にある調査船を保有する会社に勤める姉・真周の元へ着替えを届けたところで、同じ学校に通う宇藤かがりと出会う。かがりの兄は調査船に乗っており、その身を案じていた。そこへ謎の特殊スーツを来た男が海中より現れ――!?太平洋の真ん中に沈む謎の「島」をめぐる冒険が今、はじまる!!