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SFコミック界の巨星・松本零士が天才レオナルド・ダ・ヴィンチの謎多き生涯に挑戦する!!幾世紀もの未来。人類の生存する大銀河系は宇宙の「崩壊断面」へ遭遇していた。そこからすべり落ちれば「無の暗黒」へ飲み込まれすべてが終わる……。破滅までに残された時間はあと30年！リサーチの結果、これを救える人物はアインシュタインでもキューリーでもフォンブラウンでもなく、天才レオナルド・ダ・ヴィンチのみ！1452年夏、寒村ヴィンチを飛んでいた“蚊”の吸った血液から「彼」を再生させるプロジェクトが、ミナミ教授指揮のもと行われようとしていた。ミナミ教授の考えに反対するマミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）は、計画実行の直前、復元機（レプリカートパンドラ）を破壊し時空船（タイムクルーザー）でレオナルド・ダ・ヴィンチの生きていた時代へ向かう。彼女はレオナルドのそばでそのすべてを学び、もう一度未来に戻ると言うのだが……。
1452年、レオナルド・ダ・ヴィンチの生まれた年に時空船（タイムクルーザー）で向ったマミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）は、そこで45世紀より時空を超えてきたエル・ラ・クリスティンと出会う。いつしか行動を共にするようになったマミアとクリスティンは、アルバーノ山の魔女としてレオナルドを見守っていた。けれども、クリスティンを追う有機アンドロイド・シャドーの存在に気づいた2人は、レオナルドが18歳になった時代へと先回りするのだが……。
ずっと思い続けていた実母・カテリーナと暮らせるようになったレオナルド・ダ・ヴィンチは、野戦砲や木製空中浮遊機など、数々の発明にその才能を発揮する。レオナルドを巡ってマミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）、エル・ラ・クリスティンとことあるごとに対立してきたウルスラ・ヘリケ。彼女が有史以前、恐竜よりも古い時代から1471年の時空へ来ていることを知ったミナミ教授と、41世紀委員会のマジモト教授は、有史以前の地球にヘリケのような“人間”が生きていることを確かめに「ヘリケの時代」へ行くことを決意するのだが……。
“自分が消えた時……その生まれた場所の全歴史が共に消えるのは堪え難いこと……とても悲しいこと”。別荘アルタミラの塔にこもったウルスラ・ヘリケは、インクで紙に記録を残し始めた。まるで、自身の運命をはかなむように。そして、ある日ヘリケはアルバーノ山へ赴き、ミナミ教授から旧型の時空船（タイムクルーザー）を借りる。1995年にトランクを1個届けたいというのだ。はたして、ヘリケの真の目的は……？
ついにアンドロメダが消失!?「崩壊断面」が近づき光の直進性が失われ、アンドロメダが遮られて見えなくなってしまった。ミナミ教授は、これほどの大事件が未来の世界に記録として残されていないことを知り、歴史に空白地帯があることを知る。“レオナルドの持っている能力が……その空白地帯とどうつながっているか……”。41世紀の機材が、その2000年以上前の時代に作られたものより劣っていることを知ったミナミ教授は、そこに“空白”のもたらした影響があるのではないか、と推測する。マミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）に、元の時代に戻り資料を持ち帰ることを頼むが……。物語はいよいよ佳境を迎える。
何者かに襲われたレオナルド・ダ・ヴィンチは生死の淵をさまよっていた。そして、懐かしき母の姿と顔、声を聞く。マストロヤンニ医師によって一命をとりとめたレオナルドは、自身の人生の長さ、いつまで生きるのかを、マミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）とエル・ラ・クリスティンに尋ねる。「人の死は息を引き取ったその瞬間ではなく、自分を知ってる人がこの世から全部いなくなった時……一人でも自分を憶えていてくれる人がいれば……一人でも私が何をした人間か考えてくれる人がいる限り……私はまだ死んだ事にはならない……」と答えるマミア。この話を聞いたレオナルドは、果たして何を思うのか？一方、そのころ宇宙の崩壊断面は、いよいよ銀河系のウデの部分にまで到達しようとしていた。その後の時空が残っていることを疑問に思うミナミ教授は、マミアの研究成果を元に崩壊現象を食い止めようとするが……。
ついに宇宙の崩壊断面を止める術を見つけ出したマミア・ルナ・螢子（けいこ※螢の文字虫→火）。それは2つの時空の異なる銀河系の中間に、時空間爆発を生じさせることであり、マミアの犠牲なくして成り立たないことでもあった。「天使の時空船の花が、星の海の向こう側で咲く……」と、涙ながらにレオナルド・ダ・ヴィンチに告げるエル・ラ・クリスティン。そしてマミアとレオナルド達は「最後の晩餐」を行う。モナリザに秘められたレオナルドの「想い」とは!?いまだ語られることのなかったレオナルド・ダ・ヴィンチの伝説、ここに堂々の完結!!
