地球温暖化と過激な緑化計画の結果、東京は人外魔境のジャングルと化してしまう。中央政府機関や一部の富裕層は、人工地盤の超弩級高層建築“アトラス”に移住。一方地上に残された人々は、巨大なスラム街“ドゥオモ”に立て籠もり、押し寄せる自然の猛威と政府の圧政に抵抗していた…。
中宗根綾乃・19歳。働きもせず、勉強もせず、南の島で毎日きままにダラダラ暮らす少女。ずっと自由に暮らしていたいと思っていた綾乃だが、夢でユタ（巫女）になれと神様にお告げを告げられてしまい、これを断れば神罰が下るという。綾乃はつい適当に引き受けてしまったが…!?
沖縄県石垣島には、97歳まで生きた長寿のお年寄りを祝うお祭り「風車祭」がある。来年、このお祭りを待ちわびているフジオバァの企みにより比嘉武志は、妖怪火を目撃しただけでなく自身のマブイ（魂）を落としてしまう。しかし、その妖怪火は魔物などではなく228年もの間マブイだけでさまよっていたピシャーマという娘だった…。ピシャーマに一目惚れした武志は、彼女を助けようとするが…。
