時は18世紀中葉幕末をさかのぼること約100年前の江戸時代ど真ん中。幕府の実権を握る時の権力者・老中田沼意次は、日本を狙う西洋列強としたたかに駆け引きをしつつ重商・国防政策を推し進めていた。そんな中、能力をもてあまし風の吹くまま気の向くまま、無節操な生活をしていた江戸の自称天才博物学者・平賀源内は、長崎は出島で東インド会社付けオランダ人医師から壊れた西洋カラクリ人形『まりあ』を手に入れる。源内はまりあを修理しひと儲けを企てるが、目覚めたまりあはただの人形ではなく、自律した意思と超能力とも言うべき不思議な力をもった『生きている人形』だった。まりあを巡る幕府と西洋秘密結社の巨大な密謀が渦巻く中、源内はまりあの秘密を探る旅を通して自らのなすべき事を見つけてゆく。
