現代日本にて組織された情報機関【プレデター】。その構成員、壱波(いちなみ)と三界(さんかい)は小型核兵器奪還任務を命じられていた。しかし任務中、ふたりは突然まばゆい光に包まれてしまう――。気づけば辺りに見えるのは、元いた風景とはまったく違うもの。そこは江戸時代。ふたりは小型核と共にタイムスリップしていたのだった!!そのタイムスリップ、裏で糸を引いていたのはなんと徳川家康。彼は世界征服を目論み、小型核を手に入れようとしていた。ここから始まるのは、現代日本のスパイと家康の家臣、服部半蔵率いる忍者軍の戦い。時空を超えた隠密決戦を見逃すな!
舞台は20キロメートル四方の小さな町、ザ・タウン。ここで主人公・雨木は妹を殺した仇を探し続けているのであった。手がかりはただひとつ、【格子状の傷を持つ男】。それだけ。彼の武器は復讐にたぎる血液。この血液が彼の矛と盾になるのだった。